Biochimie Enzymologie Approfondie: Cours et Exercices PDF

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Introduction au Biochimie Enzymologie Approfondie

Les enzymes sont des catalyseurs d’une efficacité fonctionnelle remarquable. Ils accélèrent les réactions métaboliques d’un organisme vivant. En effet, ils ont un pouvoir catalytique de 106 à 1012 fois supérieur aux réactions spontanées et interviennent dans tous les processus de biosynthèse, de dégradation, de régulation et de reproduction.

Les enzymes catalysent plus de 5 000 réactions chimiques différentes.
L’ensemble des enzymes d’une cellule détermine les voies métaboliques possibles dans cette cellule.
L’étude des enzymes est appelée enzymologie.
Les enzymes permettent à des réactions de se produire des millions de fois plus vite qu’en leur absence.
Un exemple extrême est l’orotidine-5′-phosphate décarboxylase, qui catalyse en quelques millisecondes une réaction qui prendrait, en son absence, plusieurs millions d’années.

Orotidine monophosphate ↔ Uridine monophosphate (UMP) + CO2.

Exemple: l’hexokinase
Le site actif des enzymes change de forme en se liant à son substrat. l’hexokinase présente l’adénosine triphosphate et le xylose dans son site actif. Les sites de liaison sont représentés en bleu, les substrats en noir et le cofacteur Mg²⁺ en jaune.

Structure de la transcétolase
Enzyme impliquée dans de la voie des pentoses phosphates, représentée avec son cofacteur thiamine pyrophosphate (TPP) en jaune et son substrat xylulose-5-phosphate en noir.

Enzyme : catalyseur spécifique
Site actif
Site de reconnaissance du substrat
Site de catalyse enzymatique
AA nécessaires :
Formation ou clivage liaisons
Reconnaissance de substrat(s) spécifique(s)
Cavité tri-dimensionnelle

1. Taille réduite / taille des enzymes
2. Fente ou cavité en général apolaire (hydrophobe)

…

Plan du Cours

Biochimie Approfondie: Métabolisme

1^ERE PARTIE : METABOLISME DES BASES PURIQUES ET PYRIMIDIQUES

I- Généralites
I-1 Historique
I-2 Composition Des Acides Nucléiques
I-3 Les Pentoses
I-4 Les Bases Azotées
I-5 Les Nucléosides
I-6 Les Nucléotides
I-7 Les Bases Mineures Ou Modifiées Et Leurs Dérivés
I-8 Rôle Biologique Des Nucléotides

II-biosynthèse de nucléotides a purine
II-1 les nucléotides a purine
II-2 régulation de la biosynthèse des nucléotides puriques

III- Les Nucléotides A Pyrimidine
III-1 Synthèse De L’uridine Et Cytidine Triphosphate
III-2 Régulation De La Biosynthèse Des Nucléotides Pyrimidines

IV- Biosynthèse Des Desoxyribonucleotides
IV-1 Formation Du Désoxyribose
IV-2 Formation De La Thymine

V- Dégradation Des Bases Puriques

VI- Voies De Dégradation Des Bases Pyrimidiques

VII- Enzymopathie
VII-1 La Goutte (Hyperuricemie)
VII-2 Le Syndrome De Lesch-Nyhan

2^EME PARTIE : METABOLISME SECONDAIRE DES PLANTES

I- Présentation Générale Des Métabolites Secondaires
II- Les Différentes Classes Des Métabolites Secondaires
III- Quelques Rôles Des Métabolites Secondaires
IV-Ou Trouve-T-On Les Métabolites Secondaires Dans Les Plantes ?
V- Familles De Métabolites Secondaires
VI-Voies De Liaison Entre Le Métabolisme I Aire Et Ii Aire
VII- Terpènes
A- Généralité Sur Les Terpènes
B- Biosynthèse Des Terpènes

VIII- Composes Phénoliques
A) Généralités Sur Les Composes Phénoliques
B) Voies De Synthèse Du Cycle Aromatique : The Shikimat Pathway
C) Les Différents Types De Composes Phénoliques

IX- Les Métabolites Secondaires Azotes Ou Alcaloïdes
A) Introduction
B) Les Différents Types Métabolites Secondaires Azotes

Enzymologie Approfondie

1 – Introduction – Définitions

2 – Les cofacteurs enzymatiques
A – biotine (ou vitamine B8)
B – Nicotinamide Adénine Dinucléotide (NAD+)

3 – La réaction enzymatique
A – réaction non-catalysée
B – catalyse enzymatique
C – notion de site actif
D – introduction à la cinétique enzymatique
E – mesures enzymatiques : quantification d’une biomolécule

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